En la temporada 87/88 se pusieron en marcha las primeras competiciones de regional organizadas por la Federación Alavesa de Fútbol.
Tras años compitiendo en los campeonatos organizadas por la vecina federación gipuzkoana los equipos alaveses (Junto con algún equipo bizkaino, gipuzkoano y mirandés) comenzaban su andadura dentro de su propia federación provincial, un hito fundamental para el desarrollo del fútbol alavés.
En su primera temporada las categorías regionales se dividieron en Regional Preferente, con 12 equipos, y Primera Regional, con 12 equipos. Terminada la liga regular, los equipos de Preferente se dividían en dos grupos que competían en una liguilla de 10 partidos que sumaba los puntos de la liga regular. Los seis primeros competían por la plaza de ascenso directo a 3ª División y la plaza a la promoción que disputaban los subcampeones de las provincias vascas. Por su parte los seis últimos peleaban por evitar las dos plazas de descenso a Primera Regional.
Los equipos que disputaron la primera edición de la Regional Preferente fueron el Aurrera, Alegría, San Ignacio, Alavés Aficionados, Abetxuko, Zaramaga, Izarra Gorri, Pedrusco, Vulcano, Lantarón, Alipendi y San Viator. Al finalizar la temporada el Aurrera, como campeón, y el Alegría, tras vencer la promoción de ascenso, lograban su primer ascenso a 3ª División, mientras que San Viator y Alipendi perdían la categoría.
La primera edición de la Primera Regional contó con la presencia de los equipos de Aranbizkarra, Aranako, Huracán, Salvatierra, Baskonia, Vitoria, Condesa, Casco Viejo, Aberasturi, Nanclares, Labastida y Samaniego. Finalizada la competición, Aranbizkarra, Aranako, Huracán y Salvatierra lograron las plazas de ascenso a Preferente.
Para la temporada siguiente Labastida y Condesa dejaban la competición, pero aparecían el Atlético Alavés, Ariznabarra, Urbinako y Michelín Vitoria en la Regional Preferente, pero eso es otra historia.